Сохранившееся архивные документы относится к XVIII веку, когда храм был деревянным. После исторического пожара 1766 г. (пожар не коснулся Покровского храма), начали строить рядом с деревянным более надежный, каменный храм. При закладке первого камня был водружен крест, как знамение освящения и торжества веры христианской. На кресте была сделана надпись, свидетельствующая о том, что храм заложен во время царствования Екатерины II при епископе Феоктисте Мочульском.
В 1791 г. был построен и освящен главный каменный придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Через 46 лет к нему пристроили южный придел во имя святителя Митрофана Воронежского. Незадолго до построения этого придела состоялась канонизация святителя Митрофана.
В 1865 г. с северной стороны симметрично южной был возведен придел во имя Святителя Тихона Задонского. Этот год принято считать годом окончательной постройки Покровского храма (архивные документы XIX века — «Об утверждении проектов на постройку церквей»). Храм возведен «тщанием прихожан» и оттого был особенно любим. В начале XX века постоянных прихожан в нем числилось около полутора тысяч, что было значительно больше, чем в других белгородских храмах. В конце 20-х — начале 30-х годов XX столетия — храм был закрыт. После закрытия здание храма использовалось большевиками в качестве пересыльной тюрьмы, о чем сохранились свидетельства очевидцев.
В 1933-1937 гг. вокруг храма была колючая проволока, и стояли деревянные вышки. В храме находились «враги народа», которых в Белгороде было очень много. А в основном, эти люди были с Украины и деревень Центрально — Черноземной области. При восстановлении храма спустя 60 лет после тех событии найдено множество человеческих останков.
В 30-е годы двадцатого века храм оказался в числе «подлежащих закрытию» и использовался как пересыльная тюрьма. Кто- то из сосланных сюда людей умирал от голода и жажды, кого-то убивали. Были случаи, что людей сбрасывали с колокольни.
Колокольня храма в годы Великой Отечественной войны имела стратегическое значение для города. Во время боев, при освобождении города, немцы заняли колокольню, но ударом танкового орудия русских войск немцы были выбиты, и одновременно была разрушена верхняя часть колокольни.
В 50-е годы прошлого столетия здание храма было отдано под механические мастерские.
К началу девяностых годов двадцатого века был уже без крестов, с разрушенным куполом и обезглавленной колокольней, проросшими деревьями, с глубокими трещинами в оседающих стенах. Реставрационные работы начались в 1991г.
