Во время восстановительных работ было обнаружено много человеческих останков. Это привело к мысли о строительстве часовни, где бы можно было собрать все найденные останки. По воспоминаниям очевидцев в 30-е годы оба храма использовались как пересыльная тюрьма.
Многие из сосланных сюда людей умирали от голода, кого-то расстреливали. Были случаи, что людей сбрасывали с колокольни. По-видимому, это и были те самые «враги народа», которые во множестве заполняли храмы города (найдено около 100 человеческих останков, среди них есть детские черепа). Часовня построена в 1998 году и освящена Высокопреосвященнейшим архиепископом Иоанном в память о жертвах в годы гонений и убиении Царской семьи (в ночь с 16 на 17 июля 1918 года была зверски убита августейшая семья: Император Николай II, Императрица Александра Феодоровна, Цесаревич Алексей, Великие Княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия). После прославления Царской семьи, часовня названа во имя Царственных Страстотерпцев и иже с ними Новомучеников Российских».
15 ноября 2011г. Обнаруженные человеческие останки были перезахоронены в часовне. В этот день старшим священником монастыря, протоиереем Иоанном Солоныной с клиром монастыря и в присутствии многочисленных прихожан монастыря была совершена заупокойная лития по павшим в 30-е — 40-е года XX столетия.
